一种说法认为，据史料记载，早在孙吴时期，现鸡鸣寺之处就已建有一寺，名为“栖玄寺”，此因鸡笼山北面有栖玄塘而得名。南朝宋文帝刘义隆第七皇子、建平王刘宏为人谦俭周慎，深得父王信任，并赏赐其在鸡笼山东偏北处建宏敞府第。
刘宏于宋大明二年(458年)临终前，嘱咐将鸡笼山下东偏北处的府第捐为寺庙，沿用名“栖元寺”，元、玄同义，南齐时改名建元寺。孙吴时期开拓了南北向的潮沟(在今南京市机关大院西墙附近)，南接城北渠、运渎，经栖玄寺门前，北通玄武湖，后来，明代筑城时阻断了该潮沟，但此沟的南端直至上世纪80年代初尚存，沟旁尚有几棵老槐树。从这些资料看，三国孙吴时的栖玄寺该是鸡鸣寺的前身。
还有人认为三国时，栖玄寺曾是孙吴府第的后苑，晋代时，该地是廷尉署。如果栖玄寺确实是鸡鸣寺的前身，那么，鸡鸣寺的历史就可向前延伸300年，但是，对这一说法存在着争议。
第二种说法则认为，鸡鸣寺的前身是南朝梁的“同泰寺”。持这一观点的人认定：南朝梁普通八年(527年)在鸡笼山所建的同泰寺，是鸡鸣寺的前身。他们认为：当时的同泰寺范围很大，从山下一直延伸到鸡笼山上。
同泰寺寺内有大殿六所，小殿堂十余所，一座九层浮屠(宝塔)，一座七层高的大佛阁，供奉着十方金像和十方银像，整个寺院依皇家规制而建，规模宏大，金碧辉煌，无愧于“南朝四百八十寺”之首的美誉。梁武帝是中国古代最笃信佛教的帝王之一，他曾四次舍身于同泰寺，并常到寺内讲经说法。如果同泰寺果真是鸡鸣寺的前身，那么，由于南朝非常浓厚的信佛风气，由于南朝时建康(今南京)寺庙的盛行(诗曰：“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中。”)，特别是由于梁武帝这位“菩萨皇帝”多次舍身于同泰寺，鸡鸣寺当然是更加的意义非凡。当然，不管其前身是同泰寺还是栖玄寺，或是其它的寺庙遗迹，鸡笼山麓的鸡鸣寺也是一座古老的寺院
鸡鸣寺供奉的是谁
鸡鸣寺供奉的是殿内正中供奉释迦摩尼佛的法身佛,毗卢佛
